專利法修正案業已於2011年11月29日經立法院三讀通過，並於12月21日經總統公布，生效日將由行政院決定。本次修正條文多達159條，主要方向與目標包括：加強專利權的保護、簡化並加速專利審查程序，並大量參考外國立法例使我國專利法制與國際接軌等。原修正草案中擬全面開放動、植物專利之議題，因無法獲得各界一致的共識，故未納入本次修正範圍。目前專利專責機關經濟部智慧財產局正研擬專利法施行細則及相關審查基準，預計需至2012年下半年專利法修正案才會正式施行。
本次修正重點包括：
專利侵權損害賠償
依據新法，當專利權人發現有侵害其專利權情事，得請求除去其侵害；有侵害之虞者，得請求防止之，且毋需證明侵權行為人是否具故意或過失。然專利權人如進一步對於侵權行為人請求損害賠償時，則需證明權人具有故意或過失之主觀要件。此外，於計算損害範圍時，依現行法規定可依民法第二百十六條之規定（即填補所受損害及所失利益），或依侵害人因侵害行為所得之利益等二種計算方式。新法參照美、日、中專利法制後提供第三種計算方式，即以相當於授權實施該發明專利所得收取之權利金數額為所受損害。
而現行法原規定有專利權人於業務上信譽因侵害而致毀損時，可另請求相當金額之賠償，惟新法認為命侵權人登報道歉，即足以回復專利權人之名譽，因而刪除上開規定。同時，由於懲罰性賠償金的概念與我國一般民事損害賠償法制不符，故新法一併刪除現行法中對於故意侵權行為時，法院得酌定損害額最高至3倍之規定（相關條文請參閱新法第96、97條）。
申請人之復權規定
根據現行法，欲於我國專利申請案主張優先權者，必須在申請時於申請書中一併主張，另如果申請人未於指定期限內，繳納證書費及第一年年費時，其專利權就自始不存在（現行法第27、51條）。新法為鼓勵創新，增訂申請人或專利權人非因故意而未於申請時主張優先權，或未於期限內繳納證書費及第一年年費時，發明及新型案可於最早之優先權日起算16個月（設計專利為最早之優先權日起算10個月）內，或證書費及第一年年費繳納期限屆滿後6個月內，申請回復優先權或專利權之效力（相關條文請參閱新法第28、98條）。
專利舉發制度之修正
依據現行法，專利專責機關可依職權撤銷已註冊之專利權，惟在國際立法例多採取當事人進行主義下，新法刪除「依職權撤銷」之規定，且增加在同一專利權有多件舉發案時，專利專責機關得合併審查，並得依職權審酌舉發人未提出之理由及證據等規定。在專利權有一項以上之請求項時，舉發人並得部份請求項提起舉發（相關條文請參閱新法第71、73、75、78條）。
專利權不及之範圍
除現行法已保障專利權之效力不及於研究、教學或試驗等必要行為外，新法另增加「非出於商業目的之未公開行為」為專利權效力所不及之範圍，原因乃在於專利權效力應是在保護專利權人於產業利用上利用其發明之權利，他人非商業之行為，自應非屬專利權效力之範圍（新法第59條）。
專利強制授權之限制
現行法規定，於因應國家緊急情況、增進公益之非營利使用、或申請人曾以合理之商業條件，在相當期間內仍不能協議授權時，專利專責機關得依申請，特許該申請人實施他人之專利權。惟在「申請人曾以合理之商業條件在相當期間內仍不能協議授權」之情形下要求特許實施之情形，乃是透過公權人介入，並強制專利權人同意第三人實施該項技術，外界對此有諸多爭議。因此，新法除就原「特許實施」之文字改為「強制授權」外，另增列必須在增進公益之非營利實施時，或發明或新型專利權之實施，將不可避免侵害在前之發明或新型專利權，且較該在前之發明或新型專利權，具相當經濟意義之重要技術改良時，才可核准強制授權。
此外，基於人道救援精神及符合與貿易有關之智慧財產權協定（TRIPS）相關規範，新法增列在協助無製藥能力或製藥能力不足之國家，取得治療愛滋病、肺結核、瘧疾或其他傳染病所需醫藥品，專利專責機關得依申請，強制授權申請人實施專利權，以供應該國家進口所需醫藥品。然前提必須是在申請人曾以合理之商業條件在相當期間內仍不能協議授權者為限，倘若所需醫藥品在進口國已核准強制授權者，亦不得於我國申請強制授權（新法第87至91條）。
放寛設計專利標的範圍
由於現行條文規定，新式樣專利（新法改稱「設計專利」）保護之創作必須是完整之物品（包含配件及零、組件）外觀之形狀、花紋、色彩或其結合之視覺設計，但若該設計包含多項新穎特徵，而遭他人僅模仿部份特徵時，專利權人將無法主張其侵權專利權。為加強對於設計專利之保護，新法於參酌日本、韓國、歐盟等國設計法規後，新增可單獨將部分特徵申請為設計專利。
另外，考量到消費型電子產品、電腦與資訊、通訊產品之特性，有必要加強對於電腦圖像（Computer-Generated Icons, Icons）或圖形化使用者介面（Graphical User Interface, GUI）設計之保護，而美國、日本、韓國、歐盟等地多已開放電腦圖像或圖形化使用者介面之保護，故新法同時開放電腦圖像及圖形化使用者介面可為設計專利保護之標的，可申請專利保護。
由整部專利法新制可看出政府欲透過保護專利權並鼓勵產業創新等手段，以達產業升級之目的。並大量參酌各先進國家之立法例，以符合國際規範。然就強制授權制度仍保有「申請人以合理之商業條件在相當期間內無法協議授權」部份，有學者即認為此舉將使國際社會對於我國是否確實保障專利權人權益存有疑義。就此經濟部智慧財產局回應：新法仍須符合公益或重要技術改良等要件，才能申請強制授權，於保障專利權與公共利益間應可取得平衡，故應謂洽當。